MethCNA: a database for integrating genomic and epigenomic data in cancer
 
Home Search Browse Cluster Tutorial Contact  
  DMRs of TCGA_BRCA  
 
Chromosome:  
  There are totally 124 DMRs found in chromosome 1.
Note: For small series(<30 samples), M-values are transformed into beta-values.Download table		  
 
Chr Gene Start End Control Avg Tumor Avg Delta Beta Fold P Value UCSC
1 CSRP1 201476259 201476363 0.03014 0.03177 0.00164 1.0543 0.011154 UCSC
1 TMEM183B 202976298 202976360 0.04493 0.04193 -0.003 0.9332 0.004180 UCSC
1 FDPS 155278604 155278743 0.02957 0.02822 -0.00135 0.95421 0.003391 UCSC
1 INTS7 212208519 212208839 0.04439 0.04234 -0.00205 0.95373 0.000392 UCSC
1 RGS2 192778119 192778246 0.02292 0.03428 0.01136 1.49558 0.000387 UCSC
1 RD3 211688961 211689311 0.04908 0.04762 -0.00146 0.97032 0.000168 UCSC
1 C1orf77 153606564 153606714 0.02351 0.02185 -0.00165 0.92965 0.000162 UCSC
1 CD164L2 27709881 27709931 0.0418 0.04987 0.00807 1.19312 0.000110 UCSC
1 BPNT1 220263091 220263263 0.03781 0.03509 -0.00272 0.92811 0.000094 UCSC
1 ENSA 150601488 150601808 0.03988 0.03675 -0.00314 0.92137 0.000093 UCSC
1 WARS2 119682570 119682890 0.07604 0.08596 0.00992 1.13046 0.000080 UCSC
1 NDUFS5 39491848 39492613 0.0302 0.02803 -0.00217 0.92821 0.000079 UCSC
1 FAIM3 207082816 207082984 0.07024 0.08261 0.01237 1.17613 0.000074 UCSC
1 NRAS 115258979 115259473 0.03544 0.05893 0.02349 1.66265 0.000072 UCSC
1 LOC100128071 32827775 32827889 0.06254 0.08291 0.02037 1.32571 0.000040 UCSC
1 EFCAB2 245081060 245083248 0.04191 0.05563 0.01372 1.32735 0.000031 UCSC
1 FAM183A 43613557 43613655 0.05985 0.07197 0.01212 1.20244 0.000021 UCSC
1 DENND2C 115213172 115213330 0.05081 0.07256 0.02175 1.42799 0.000016 UCSC
1 NTNG1 107683673 107683777 0.03592 0.0497 0.01377 1.38343 0.000014 UCSC
1 RHOU 228872101 228872269 0.05335 0.07149 0.01814 1.34004 0.000012 UCSC
1 TGFB2 218519500 218519614 0.04965 0.05511 0.00545 1.10983 0.000012 UCSC
1 MIR3917 26202131 26202307 0.02927 0.03281 0.00354 1.12102 0.000009 UCSC
1 VAMP4 171711709 171711918 0.06157 0.05822 -0.00335 0.9456 0.000007 UCSC
1 CENPL 173793891 173793967 0.05288 0.04795 -0.00493 0.90683 0.000006 UCSC
1 IGSF8 160068485 160068538 0.0453 0.04164 -0.00366 0.91924 0.000004 UCSC
1 PAX7 18883446 18885436 0.06044 0.09263 0.03219 1.53256 0.000004 UCSC
1 POU3F1 38512181 38512299 0.04161 0.05687 0.01527 1.36693 0.000004 UCSC
1 RBBP5 205091273 205091630 0.03437 0.03152 -0.00285 0.91718 0.000003 UCSC
1 COA7 53167796 53169998 0.07033 0.11763 0.0473 1.67248 0.000003 UCSC
1 WASF2 27816568 27816711 0.05673 0.06033 0.0036 1.06344 0.000002 UCSC
1 AGBL4 49242740 49243094 0.02545 0.03151 0.00606 1.23806 0.000002 UCSC
1 GPATCH4 156570765 156571553 0.03039 0.02978 -0.00061 0.9799 0.000002 UCSC
1 KCNK2 215256710 215257030 0.04433 0.05607 0.01174 1.26487 0.000002 UCSC
1 ST6GALNAC5 77333149 77333247 0.04431 0.07568 0.03137 1.70792 0.000001 UCSC
1 MAD2L2 11751564 11751683 0.03269 0.03814 0.00544 1.16655 <0.000001 UCSC
1 ARL8A 202114054 202114116 0.05229 0.05096 -0.00133 0.97448 <0.000001 UCSC
1 CLSTN1 9884583 9884610 0.05821 0.06754 0.00933 1.16029 <0.000001 UCSC
1 RERE 8484000 8484253 0.03748 0.04204 0.00456 1.12164 <0.000001 UCSC
1 DNAJC6 65775041 65775209 0.04417 0.06573 0.02156 1.48822 <0.000001 UCSC
1 C1orf95 226737606 226737979 0.0745 0.09875 0.02425 1.32542 <0.000001 UCSC
1 RNF220 44870847 44871228 0.04947 0.08011 0.03063 1.61922 <0.000001 UCSC
1 RBM34 235324062 235324382 0.03731 0.03604 -0.00127 0.96598 <0.000001 UCSC
1 PYGO2 154934672 154934765 0.03012 0.02975 -0.00037 0.98767 <0.000001 UCSC
1 CNN3 95393067 95393209 0.13909 0.20378 0.06469 1.46507 <0.000001 UCSC
1 KIAA0907 155904000 155904168 0.03225 0.02804 -0.00421 0.86957 <0.000001 UCSC
1 CD34 208084366 208084508 0.03816 0.08764 0.04948 2.29672 <0.000001 UCSC
1 SLC35A3 100435491 100435609 0.06343 0.06899 0.00556 1.08771 <0.000001 UCSC
1 STX6 180992100 180992127 0.03549 0.02974 -0.00575 0.83809 <0.000001 UCSC
1 AIDA 222885717 222885848 0.12775 0.11991 -0.00785 0.93858 <0.000001 UCSC
1 TARS2 150459602 150460497 0.0512 0.04791 -0.00329 0.93581 <0.000001 UCSC
1 UFC1 161123543 161124550 0.02491 0.02392 -0.001 0.96006 <0.000001 UCSC
1 SLC35F3 234350243 234350411 0.07076 0.1384 0.06764 1.95598 <0.000001 UCSC
1 SLC30A10 220101649 220101777 0.09773 0.29474 0.197 3.01576 <0.000001 UCSC
1 ILDR2 166890296 166890520 0.18082 0.38652 0.2057 2.13761 <0.000001 UCSC
1 RXRG 165344729 165346943 0.0889 0.14766 0.05876 1.66092 <0.000001 UCSC
1 OR2M5 248299327 248301407 0.67662 0.54708 -0.12954 0.80854 <0.000001 UCSC
1 B4GALT3 161147511 161147677 0.02731 0.03588 0.00857 1.31384 <0.000001 UCSC
1 DESI2 244893483 244893659 0.04046 0.12516 0.0847 3.09381 <0.000001 UCSC
1 PFDN2 161087162 161087561 0.03448 0.03043 -0.00404 0.88276 <0.000001 UCSC
1 PLD5 242687398 242687656 0.0911 0.29565 0.20455 3.24519 <0.000001 UCSC
1 GAS5 173836567 173837231 0.03391 0.03217 -0.00174 0.94864 <0.000001 UCSC
1 MIXL1 226411026 226411088 0.31285 0.38278 0.06993 1.22352 <0.000001 UCSC
1 NFASC 204797436 204797637 0.05873 0.09918 0.04045 1.68871 <0.000001 UCSC
1 MIR135B 205398803 205401048 0.14779 0.18862 0.04083 1.27629 <0.000001 UCSC
1 MIR135B 205424884 205425095 0.06266 0.14597 0.0833 2.32937 <0.000001 UCSC
1 G0S2 209848815 209848913 0.1033 0.16642 0.06312 1.61109 <0.000001 UCSC
1 RASSF5 206730357 206730714 0.07047 0.06117 -0.0093 0.86799 <0.000001 UCSC
1 ASPM 197115669 197116008 0.03342 0.03003 -0.00339 0.8987 <0.000001 UCSC
1 NVL 224518073 224518161 0.05278 0.04768 -0.00511 0.90324 <0.000001 UCSC
1 DEGS1 224362521 224364503 0.2183 0.5018 0.2835 2.29868 <0.000001 UCSC
1 GJC2 228337186 228337436 0.41646 0.54807 0.13161 1.31603 <0.000001 UCSC
1 CAMK1G 209758898 209759591 0.06392 0.1286 0.06468 2.01187 <0.000001 UCSC
1 ACTA1 229569882 229569912 0.07106 0.12086 0.0498 1.70088 <0.000001 UCSC
1 SYT2 202679724 202679799 0.06067 0.18234 0.12168 3.00568 <0.000001 UCSC
1 HMCN1 185703538 185703558 0.08 0.1127 0.0327 1.40879 <0.000001 UCSC
1 IFI16 158979563 158980088 0.05703 0.12098 0.06394 2.1212 <0.000001 UCSC
1 No Gene 158083280 158083520 0.06559 0.20055 0.13495 3.05746 <0.000001 UCSC
1 SKI 2202537 2203439 0.90978 0.93897 0.02919 1.03209 <0.000001 UCSC
1 RUNX3 25240471 25241332 0.59973 0.69172 0.09199 1.15339 <0.000001 UCSC
1 SEPN1 26126290 26126585 0.03689 0.05059 0.01369 1.3712 <0.000001 UCSC
1 CATSPER4 26527476 26528322 0.45074 0.61799 0.16725 1.37107 <0.000001 UCSC
1 UBXN11 26633180 26633340 0.03365 0.02806 -0.00559 0.83382 <0.000001 UCSC
1 WDTC1 27560819 27560845 0.04159 0.03611 -0.00548 0.86833 <0.000001 UCSC
1 EPB41 29213586 29213739 0.0373 0.03652 -0.00079 0.97888 <0.000001 UCSC
1 MATN1 31191384 31191721 0.03662 0.03886 0.00224 1.0611 <0.000001 UCSC
1 TFAP2E 36042902 36043098 0.50971 0.63869 0.12898 1.25304 <0.000001 UCSC
1 C1orf216 36173830 36174180 0.09069 0.14717 0.05649 1.62287 <0.000001 UCSC
1 C1QB 23003402 23003578 0.83352 0.88143 0.04791 1.05748 <0.000001 UCSC
1 HSPG2 22181706 22182554 0.91921 0.94423 0.02502 1.02722 <0.000001 UCSC
1 PDPN 13910667 13910729 0.0467 0.24103 0.19434 5.16169 <0.000001 UCSC
1 SKI 2230441 2230828 0.54997 0.7167 0.16673 1.30316 <0.000001 UCSC
1 PLCH2 2425466 2426429 0.69738 0.6145 -0.08288 0.88115 <0.000001 UCSC
1 TP73 3600341 3601273 0.374 0.57476 0.20076 1.53678 <0.000001 UCSC
1 ESPN 6507895 6508119 0.18991 0.40806 0.21814 2.14865 <0.000001 UCSC
1 TAS1R1 6639659 6639841 0.06033 0.07894 0.01861 1.30839 <0.000001 UCSC
1 SLC25A33 9599391 9599411 0.0756 0.05924 -0.01635 0.78366 <0.000001 UCSC
1 PIK3CD 9777987 9780135 0.7919 0.74643 -0.04547 0.94259 <0.000001 UCSC
1 PLOD1 11994314 11994515 0.04173 0.07234 0.03061 1.73359 <0.000001 UCSC
1 TNFRSF8 12123308 12123566 0.09811 0.26727 0.16917 2.72436 <0.000001 UCSC
1 RSPO1 38100795 38100857 0.16548 0.27855 0.11306 1.68323 <0.000001 UCSC
1 RRAGC 39044108 39044284 0.0794 0.20231 0.12292 2.54815 <0.000001 UCSC
1 BMP8A 39957338 39957449 0.13493 0.20701 0.07208 1.53419 <0.000001 UCSC
1 MRPS21 150266240 150266384 0.06608 0.14067 0.07459 2.12888 <0.000001 UCSC
1 TNFRSF4 1144383 1144899 0.37763 0.56194 0.18432 1.4881 <0.000001 UCSC
1 VPS72 151162353 151162865 0.04056 0.03586 -0.0047 0.88404 <0.000001 UCSC
1 PIP5K1A 151171005 151171109 0.0298 0.02592 -0.00387 0.86998 <0.000001 UCSC
1 OAZ3 151735966 151736415 0.02152 0.02164 0.00013 1.00584 <0.000001 UCSC
1 C2CD4D 151810803 151810988 0.36671 0.59684 0.23014 1.62757 <0.000001 UCSC
1 TDRD10 154474518 154474538 0.07033 0.16941 0.09909 2.40889 <0.000001 UCSC
1 TRIM46 155145848 155145927 0.06339 0.05825 -0.00513 0.91902 <0.000001 UCSC
1 TMEM79 156252320 156253108 0.06274 0.06016 -0.00258 0.95895 <0.000001 UCSC
1 PLEKHO1 150122986 150123306 0.07005 0.16978 0.09973 2.42375 <0.000001 UCSC
1 RBM8A 145507282 145507702 0.08325 0.07446 -0.00879 0.89439 <0.000001 UCSC
1 ANKRD34A 145473126 145473784 0.03143 0.08132 0.04988 2.58694 <0.000001 UCSC
1 BMP8B 40255098 40255160 0.14045 0.21316 0.07271 1.51768 <0.000001 UCSC
1 PPT1 40562404 40562724 0.04099 0.03756 -0.00343 0.91629 <0.000001 UCSC
1 HPDL 45792508 45792782 0.05707 0.12765 0.07058 2.23664 <0.000001 UCSC
1 FOXE3 47882265 47882363 0.0751 0.29001 0.21491 3.86171 <0.000001 UCSC
1 FAF1 50894383 50898053 0.12447 0.24203 0.11756 1.94453 <0.000001 UCSC
1 TTC22 55267195 55267364 0.15533 0.11006 -0.04527 0.70857 <0.000001 UCSC
1 DAB1 58715447 58715605 0.09504 0.26352 0.16848 2.77262 <0.000001 UCSC
1 PIN1P1 70033504 70033715 0.04539 0.07552 0.03013 1.66384 <0.000001 UCSC
1 TYW3 75198716 75199322 0.07083 0.05734 -0.01349 0.8095 <0.000001 UCSC
1 ETV3 157108605 157108874 0.05676 0.1309 0.07414 2.30612 <0.000001 UCSC
 
 
© 2017 Cai Laboratory.  Last updated on 30 December 2017