MethCNA: a database for integrating genomic and epigenomic data in cancer
 
Home Search Browse Cluster Tutorial Contact  
  DMRs of GSE47915  
 
Chromosome:  
  There are totally 142 DMRs found in chromosome 1.
Note: For small series(<30 samples), M-values are transformed into beta-values.Download table		  
 
Chr Gene Start End Control Avg Tumor Avg Delta Beta Fold P Value UCSC
1 MIR3671 65467816 65469085 0.14031 0.70473 0.56442 5.02253 <0.000001 UCSC
1 RPS10P7 201509251 201509579 0.14337 0.69999 0.55662 4.88243 <0.000001 UCSC
1 C1orf114 169396845 169396973 0.12267 0.6515 0.52883 5.31083 0.000002 UCSC
1 GPR137B 236306619 236306915 0.09509 0.59744 0.50235 6.28269 <0.000001 UCSC
1 CACHD1 64937303 64937599 0.21906 0.71328 0.49422 3.25606 0.000004 UCSC
1 SLC2A5 9128601 9130373 0.23621 0.71829 0.48209 3.04098 0.000004 UCSC
1 SLC19A2 169428689 169430887 0.24268 0.67523 0.43255 2.78242 0.000041 UCSC
1 C1orf61 156389984 156390368 0.16472 0.5909 0.42618 3.58737 <0.000001 UCSC
1 UBL4B 110672605 110672933 0.32162 0.73706 0.41543 2.29167 0.000010 UCSC
1 ELTD1 79472203 79472458 0.31348 0.72886 0.41538 2.32503 <0.000001 UCSC
1 TNFSF4 173176104 173176624 0.36546 0.7717 0.40624 2.11157 0.000010 UCSC
1 TSPAN1 46632417 46632745 0.22197 0.62389 0.40191 2.81064 <0.000001 UCSC
1 ERI3 44703274 44704549 0.37837 0.77909 0.40072 2.05909 0.000070 UCSC
1 SKI 2222340 2222565 0.11479 0.51224 0.39745 4.46241 0.000004 UCSC
1 ESRRG 217311502 217311560 0.25936 0.65464 0.39528 2.52406 0.000110 UCSC
1 VASH2 213089201 213091155 0.29715 0.68439 0.38724 2.3032 0.011801 UCSC
1 PLEKHA6 204328585 204329262 0.27896 0.66115 0.3822 2.37009 <0.000001 UCSC
1 FAM19A3 113265523 113265832 0.24161 0.61932 0.37771 2.56326 <0.000001 UCSC
1 CAMK2N1 20798884 20800967 0.26219 0.63847 0.37629 2.43517 0.000020 UCSC
1 RRAGC 39023910 39026384 0.12868 0.50478 0.3761 3.92289 0.000001 UCSC
1 PODN 53527348 53527499 0.25524 0.62898 0.37374 2.46431 0.000007 UCSC
1 HSD17B7 162791928 162792256 0.3037 0.67282 0.36913 2.21544 0.000056 UCSC
1 DNAJC6 65730363 65730612 0.33608 0.70226 0.36618 2.08958 0.000020 UCSC
1 PTP4A2 32410514 32410842 0.25102 0.61672 0.3657 2.45681 0.000123 UCSC
1 FABP3 31845822 31845986 0.21335 0.57801 0.36466 2.70923 0.000005 UCSC
1 CD34 208083882 208084219 0.29569 0.65542 0.35973 2.21659 0.000015 UCSC
1 FHL3 38470422 38470696 0.10198 0.45791 0.35593 4.49038 <0.000001 UCSC
1 ZNF644 91300051 91300610 0.28207 0.63583 0.35377 2.25421 0.000004 UCSC
1 WARS2 119543212 119543378 0.14077 0.49185 0.35108 3.49389 0.000022 UCSC
1 NTNG1 108023287 108023662 0.40017 0.74952 0.34935 1.87299 0.000234 UCSC
1 BMP8B 40255100 40255158 0.12554 0.47368 0.34814 3.77312 0.000001 UCSC
1 DNAJC6 65731738 65732034 0.26482 0.61048 0.34567 2.30529 0.000227 UCSC
1 TCTEX1D1 67217822 67217950 0.33135 0.67122 0.33986 2.0257 0.000122 UCSC
1 HPDL 45792513 45792758 0.03393 0.37367 0.33974 11.01234 <0.000001 UCSC
1 PTCH2 45283820 45288063 0.10157 0.43593 0.33436 4.29178 0.000524 UCSC
1 ZBTB40 22676821 22678944 0.18971 0.52331 0.3336 2.75846 0.000010 UCSC
1 LINC00862 200271948 200272379 0.34006 0.67212 0.33206 1.97647 0.000015 UCSC
1 FAF1 50894438 50897998 0.1055 0.43741 0.33191 4.14605 0.000009 UCSC
1 PLEKHO1 150122998 150123294 0.03334 0.36457 0.33123 10.93608 0.000351 UCSC
1 SKI 2230453 2230816 0.37906 0.70947 0.33041 1.87167 0.000270 UCSC
1 TAGLN2 159890014 159893830 0.26729 0.59761 0.33032 2.23585 0.000007 UCSC
1 DMBX1 46951208 46951437 0.18072 0.50859 0.32787 2.81421 0.000401 UCSC
1 WNT2B 113051767 113052004 0.26859 0.59101 0.32242 2.20044 0.000020 UCSC
1 TP73 3607018 3607195 0.55063 0.86738 0.31675 1.57525 0.000586 UCSC
1 LOC100129924 43250527 43250855 0.29368 0.60666 0.31298 2.06572 0.000140 UCSC
1 MIR5087 147752659 147752987 0.10395 0.41543 0.31149 3.99653 0.000002 UCSC
1 PDE4B 66258017 66258053 0.16156 0.47164 0.31008 2.91933 0.000011 UCSC
1 HSPC157 22351325 22351489 0.11424 0.41357 0.29933 3.62012 0.000011 UCSC
1 GSTM2 110210634 110210734 0.05328 0.35153 0.29825 6.59735 <0.000001 UCSC
1 MEGF6 3514035 3516080 0.26021 0.54918 0.28896 2.11048 0.000129 UCSC
1 SAMD11 870954 871112 0.33825 0.61848 0.28023 1.82846 0.000041 UCSC
1 DUSP27 167090946 167091242 0.3269 0.6069 0.28 1.85655 0.000014 UCSC
1 OBSCN 228394395 228394721 0.44858 0.72189 0.27331 1.60928 0.000107 UCSC
1 ZNF496 247510449 247512384 0.23282 0.50556 0.27274 2.17145 0.000196 UCSC
1 PDIA3P 146649763 146649921 0.47014 0.74038 0.27024 1.57481 0.000225 UCSC
1 KLHDC8A 205325601 205326117 0.50554 0.77295 0.26741 1.52896 0.000117 UCSC
1 ITLN1 160854696 160855212 0.46554 0.72888 0.26334 1.56566 0.000239 UCSC
1 GREM2 240782413 240784304 0.47805 0.74042 0.26237 1.54882 0.000062 UCSC
1 GSTM5 110254814 110254978 0.45149 0.70777 0.25627 1.56761 0.000042 UCSC
1 SLC2A1-AS1 43472947 43473113 0.40978 0.66555 0.25577 1.62418 0.000114 UCSC
1 TCTEX1D4 45273714 45276226 0.44762 0.69537 0.24775 1.55347 0.000029 UCSC
1 PBXIP1 154911997 154915491 0.53138 0.77871 0.24733 1.46545 0.000298 UCSC
1 FMO2 171154354 171154870 0.59614 0.84333 0.24719 1.41465 0.000108 UCSC
1 ACOT7 6389997 6391306 0.58597 0.82991 0.24395 1.41632 0.000005 UCSC
1 CAMK2N1 20813550 20813730 0.18384 0.42159 0.23775 2.29323 0.000017 UCSC
1 ACOT7 6445156 6446710 0.53405 0.77016 0.23611 1.4421 0.000001 UCSC
1 TP73 3614914 3616238 0.68786 0.91867 0.23081 1.33554 0.000012 UCSC
1 No Gene 158083285 158083451 0.07757 0.30684 0.22927 3.95576 0.000202 UCSC
1 INPP5B 38412261 38412969 0.43354 0.66165 0.22811 1.52615 0.000554 UCSC
1 NPR1 153669872 153671926 0.42459 0.65025 0.22566 1.53148 0.001278 UCSC
1 PRKCZ 2105746 2107096 0.5823 0.80636 0.22406 1.38478 0.000593 UCSC
1 GJB5 35220556 35221097 0.50086 0.72218 0.22132 1.44188 0.000430 UCSC
1 WASF2 27729077 27731100 0.4573 0.67829 0.22099 1.48324 0.000239 UCSC
1 MIR4666A 228652417 228652745 0.17246 0.3921 0.21965 2.27362 0.000966 UCSC
1 ATAD3C 1397462 1399234 0.51819 0.73636 0.21816 1.42101 0.000312 UCSC
1 OLFML3 114521968 114522920 0.45514 0.66741 0.21227 1.46638 0.001646 UCSC
1 SYT6 114696634 114696762 0.09603 0.3067 0.21067 3.19369 0.000056 UCSC
1 DCST1 155006435 155007799 0.61868 0.82868 0.21 1.33944 0.000104 UCSC
1 HLX 221057479 221057652 0.67804 0.88139 0.20335 1.2999 0.000077 UCSC
1 S100A16 153581236 153582051 0.60815 0.8102 0.20205 1.33223 0.000054 UCSC
1 PAX7 19043494 19043652 0.08404 0.28454 0.2005 3.38561 0.000553 UCSC
1 PRKCZ 2058390 2061638 0.62326 0.82364 0.20038 1.32151 0.000084 UCSC
1 LAMB3 209825558 209825829 0.66171 0.8599 0.19819 1.29951 0.000461 UCSC
1 C1orf61 156399572 156403066 0.34268 0.5375 0.19481 1.56849 0.032041 UCSC
1 NR5A2 200011125 200011421 0.16483 0.35778 0.19295 2.17063 0.000841 UCSC
1 C1orf187 11761038 11761674 0.56599 0.75848 0.19248 1.34008 0.000280 UCSC
1 GFI1 92952577 92952766 0.59522 0.78728 0.19206 1.32266 0.000162 UCSC
1 ARHGEF16 3387437 3388672 0.68731 0.8781 0.19079 1.2776 0.000050 UCSC
1 HLX 221050902 221051352 0.66574 0.8546 0.18886 1.28368 0.000918 UCSC
1 AHDC1 27850426 27853920 0.42896 0.61494 0.18598 1.43356 0.000084 UCSC
1 C1orf61 156357976 156358199 0.27985 0.46355 0.1837 1.65641 0.000184 UCSC
1 VWA5B1 20617198 20617714 0.61935 0.80242 0.18307 1.29558 0.000434 UCSC
1 SV2A 149889103 149889622 0.03791 0.22031 0.18241 5.81174 0.000011 UCSC
1 VSIG8 159824901 159825197 0.17461 0.35684 0.18223 2.04367 0.000315 UCSC
1 CTNNBIP1 9886064 9889731 0.7148 0.89138 0.17658 1.24703 0.001535 UCSC
1 RER1 2359885 2360101 0.58524 0.76095 0.17571 1.30023 0.000191 UCSC
1 TP73 3619332 3621934 0.63086 0.797 0.16614 1.26335 0.000001 UCSC
1 MIR5087 147800110 147802704 0.59602 0.75926 0.16324 1.27389 0.000359 UCSC
1 FAM5B 177225374 177226364 0.34811 0.51044 0.16232 1.4663 0.001817 UCSC
1 TRAF5 211499556 211499712 0.68009 0.84161 0.16152 1.2375 0.000886 UCSC
1 C1orf106 200862599 200865931 0.69389 0.85253 0.15864 1.22863 0.045129 UCSC
1 IGSF21 18699717 18701785 0.67637 0.83419 0.15782 1.23333 0.000303 UCSC
1 KIAA1026 15250295 15250467 0.15941 0.31676 0.15735 1.9871 0.000130 UCSC
1 ACAP3 1237709 1240145 0.71362 0.87052 0.1569 1.21987 0.000129 UCSC
1 DAB1 58715449 58715603 0.05222 0.20629 0.15407 3.95019 0.000012 UCSC
1 BCAN 156607776 156611270 0.56733 0.72074 0.15341 1.27041 0.001627 UCSC
1 FAM78B 166135129 166135346 0.11611 0.26674 0.15063 2.29734 0.000063 UCSC
1 AADACL4 12703854 12704082 0.74782 0.89446 0.14664 1.19608 0.000289 UCSC
1 LOC149134 246957947 246960190 0.7082 0.85186 0.14366 1.20285 0.000032 UCSC
1 LOC100130417 846632 850356 0.59877 0.73695 0.13818 1.23077 0.000278 UCSC
1 CHIT1 203199719 203200026 0.75869 0.89503 0.13634 1.17971 0.001130 UCSC
1 ARHGEF16 3379635 3383041 0.73322 0.86477 0.13155 1.17941 <0.000001 UCSC
1 DIRAS3 68512698 68512924 0.71237 0.84373 0.13136 1.1844 0.000567 UCSC
1 ARHGAP30 161039599 161039777 0.68532 0.81591 0.13059 1.19055 0.000848 UCSC
1 NBL1 19982015 19986785 0.76065 0.88819 0.12754 1.16767 0.000333 UCSC
1 NPPA 11908050 11908278 0.7088 0.8291 0.12029 1.16971 0.001304 UCSC
1 SAMD11 864127 865899 0.80135 0.89823 0.09688 1.1209 0.000336 UCSC
1 ARHGEF16 3384351 3385481 0.81906 0.91336 0.0943 1.11513 0.000576 UCSC
1 No Gene 1061878 1063708 0.78363 0.87771 0.09408 1.12006 0.000406 UCSC
1 PTGFRN 117527618 117532010 0.8185 0.91082 0.09232 1.11279 0.000035 UCSC
1 IGSF21 18429494 18432988 0.82588 0.91323 0.08735 1.10577 0.001070 UCSC
1 PRKCZ 2083709 2086118 0.83998 0.91949 0.07951 1.09466 0.022322 UCSC
1 TMEM201 9663919 9665284 0.83482 0.91289 0.07807 1.09352 0.001160 UCSC
1 FUCA1 24190854 24192919 0.86248 0.93972 0.07724 1.08956 0.000263 UCSC
1 KCND3 112437845 112439222 0.83288 0.90988 0.077 1.09246 0.026255 UCSC
1 PLXNA2 208217524 208218551 0.8419 0.91448 0.07257 1.0862 0.002039 UCSC
1 PGBD5 230455905 230461115 0.83142 0.90254 0.07112 1.08554 0.000089 UCSC
1 RUNX3 25291920 25292186 0.82312 0.89244 0.06932 1.08422 0.000800 UCSC
1 FAM46C 118165122 118166200 0.88067 0.94376 0.06309 1.07164 0.000216 UCSC
1 GLIS1 54142757 54143426 0.88062 0.93987 0.05925 1.06729 0.000339 UCSC
1 TDRD5 179556033 179559527 0.88482 0.92942 0.0446 1.0504 0.001073 UCSC
1 PLEKHG5 6534065 6535837 0.81599 0.7918 -0.02419 0.97035 0.001140 UCSC
1 ACTRT2 2838848 2841223 0.72881 0.56918 -0.15962 0.78098 0.029792 UCSC
1 CADM3 159170619 159174621 0.68271 0.5181 -0.16461 0.75889 0.006868 UCSC
1 PRDM16 3005853 3007231 0.83273 0.64824 -0.18449 0.77846 0.000453 UCSC
1 APITD1 10490025 10490061 0.5335 0.27902 -0.25448 0.523 0.000117 UCSC
1 CASZ1 10731587 10733388 0.77338 0.50296 -0.27042 0.65035 <0.000001 UCSC
1 CCT3 156304770 156306611 0.72245 0.44126 -0.28119 0.61078 0.000804 UCSC
1 HMGCL 24152465 24152718 0.79209 0.50124 -0.29085 0.63281 0.000324 UCSC
1 PRKCZ 2013768 2015104 0.78451 0.47552 -0.30898 0.60614 0.000020 UCSC
1 LOC149134 246938334 246940414 0.83081 0.47941 -0.35139 0.57705 0.000008 UCSC
1 GPR37L1 202091839 202091906 0.69505 0.32227 -0.37278 0.46367 0.000625 UCSC
 
 
© 2017 Cai Laboratory.  Last updated on 30 December 2017