ODC1

 

Full name: ornithine decarboxylase 1 Alias Symbol: ODC
Type: protein-coding gene Cytoband: 2p25.1
Entrez ID: 4953 HGNC ID: HGNC:8109 Ensembl Gene: ENSG00000115758 OMIM ID: 165640
Drug and gene relationship at DGIdb
Screen Evidence:
  • Knocking out of this gene by CRIPR/Cas9 screen found altered tolerance on DNA toxicity in Genotoxic Screens.

 

Expression of ODC1:

 

Dataset Gene EntrezID Probe Log2FC Adj.pValue Expression
GSE17351 ODC1 4953 200790_at 1.4830 0.2585
GSE20347 ODC1 4953 200790_at 2.4851 0.0000
GSE23400 ODC1 4953 200790_at 1.9306 0.0000
GSE26886 ODC1 4953 200790_at 2.0535 0.0000
GSE29001 ODC1 4953 200790_at 1.8979 0.0005
GSE38129 ODC1 4953 200790_at 2.0714 0.0000
GSE45670 ODC1 4953 200790_at 2.0715 0.0024
GSE53622 ODC1 4953 25309 1.9936 0.0000
GSE53624 ODC1 4953 25309 2.1756 0.0000
GSE63941 ODC1 4953 200790_at 0.3954 0.6691
GSE77861 ODC1 4953 200790_at 3.5509 0.0002
GSE97050 ODC1 4953 A_23_P165840 0.2874 0.6144
SRP007169 ODC1 4953 RNAseq 4.4371 0.0000
SRP008496 ODC1 4953 RNAseq 4.8943 0.0000
SRP064894 ODC1 4953 RNAseq 1.7432 0.0002
SRP133303 ODC1 4953 RNAseq 3.0310 0.0000
SRP159526 ODC1 4953 RNAseq 3.8895 0.0000
SRP193095 ODC1 4953 RNAseq 2.6825 0.0000
TCGA ODC1 4953 RNAseq 0.3359 0.0060

Upregulated datasets: 15; Downregulated datasets: 0.  

 

Survival by ODC1 expression:

 

GSE53622GSE53624TCGA

 

Note: Click image to view full size file.  

Copy number change of ODC1:

 

Dataset Gene EntrezID Gain Loss Normal Detail
GSE15526 ODC1 4953 11 2 17
GSE20123 ODC1 4953 11 2 17
GSE43470 ODC1 4953 4 1 38
GSE46452 ODC1 4953 3 4 52
GSE47630 ODC1 4953 7 0 33
GSE54993 ODC1 4953 0 7 63
GSE54994 ODC1 4953 11 0 42
GSE60625 ODC1 4953 0 3 8
GSE74703 ODC1 4953 3 0 33
GSE74704 ODC1 4953 9 1 10
TCGA ODC1 4953 34 5 57

Total number of gains: 93; Total number of losses: 25; Total Number of normals: 370.  

 

Somatic mutations of ODC1:

 

Generating mutation plots.

 

Highly correlated genes for ODC1:

 

Showing top 20/634 corelated genes with mean PCC>0.5.
Gene1 Gene2 Mean PCC Num. Datasets Num. PCC<0 Num. PCC>0.5
ODC1APLN0.768211303
ODC1GALNT180.729297606
ODC1TTC320.719188303
ODC1COA60.718058606
ODC1LRRC8D0.71458910010
ODC1ZBTB240.714187303
ODC1SERPINH10.71319710010
ODC1CHST70.712982909
ODC1RFC40.7122321009
ODC1FSCN10.70772610010
ODC1BID0.70444610010
ODC1MMP10.70125610010
ODC1HOXB70.69612610010
ODC1NUDT10.6946810010
ODC1UBE2T0.689823606
ODC1EPB41L4B0.68886911011
ODC1CKS1B0.68767310010
ODC1SPP10.68620110010
ODC1IGF2BP20.68275810010
ODC1SH3BP40.6827311010

For details and further investigation, click here